Получаю внж в Казахстане, столкнулся с тем, что первое заявление на иин отказали, это нормальная практика?

Редкая, но бывает.

Если раньше ИИН не было, то или оператор отсканировал криво, или в заявлении что-то не так заполнил. Просто подавайте второй раз.