Подскажите, пожалуйста, если делать визу в Испанию, въезд и выезд через Испанию, а больше дней пребывания в Португалии. Какие риски могут быть? Кто-то так ездил может?

Все норм, перемещения внутри шенгена не отслеживаются на данный момент, а то что штампы оба будут испанскими - очень хорошо

Ну если Вы в ВЦ Испании принесете брони отелей, где 3 дня в Испании, а 5 дней в Португалии, то Вас и отправят в Португальский ВЦ. Это когда уже визы есть, то можно кататься по Шенгену и и-то если это мультивиза