Хотим поехать вдвоем в первый раз в Японию и хотим посмотреть по возможности за 7-8 дней все от Токио до Хиросимы, но тяжело разобраться с транспортом.

Можно на синкансэне до Мисимы, оттуда съездить на Фудзи на автобусе, вернуться в Мисиму и дальше на синкансэне в Осаку. Но возможно будет прощк одним днем сгонять на Фудзи из Токио и потом ехать сразу в Осаку из Токио

Если вы все же остановитесь на варианте от Токио до Хиросимы, то счет б не терять день на возврат в Токио, рассмотрите прилет в Осаку, а вылет из Токио. Или в обратном порядке. Лучше вылетать из Токио ( что бы с сувенирами и возможными покупками покрупнее, не мотаться). Так же обратите внимание про выборе аэропорта в Токио. Ночью транспорт общественный не работает и в случае вылета очень раннего и ночного из аэропорта Нарита такси это очень дорого, многие бронируют эту ночь рядом. А это минус нормальный день. Ханеда в 30 минутах езды и такси из центра будет стоить значительно дешевле (в районе 10000 йен)

От Осаки до Хиросимы есть клевый проездной Hiroshima Kansai JR Pass 17k йен 5 дней отобьется дважды.

Токио исключить сразу. По идее 7 дней стандартный маршрут на Осаку и окрестности, но если потеснить, то можно и Хиросиму включить.

У нас на такой маршрут 18 дней и то не все успеваем, у вас получится 1-2 локации на город и бежать дальше

Лучше ограничится одной областью, например Токио и окрестности (камакура, кавагучико (фудзи), никко) или только кансай (осака-киото-нара-химедзи)

В хиросиме кроме мемориала мира особо смотреть нечего, туда едут, чтобы один день посвятить миядзиме, это остров чуть дальше