Планирую 3 полных дня быть в Токио. Имеет ли смысл покупать Suica и пополнять ее или просто купить проездной на три дня? Немного не понял, в чем разница.

Разница в том, что проездной покрывает не все виды транспорта, а суикой вездк расплатиться можно. Кроме синкансэна, но он вам и не нужен

Там много видов проездных. Смотрите и считайте, выгодны вам они или нет.

Суйка - это лишь вопрос удобства. Если у вас будет проездной вряд ли она вам нужна, если не будет, то возможно и стоит взять. Есть и те, которые покрывают [почти] все виды транспорта. Но они дорогие.