Почему мне не поставили штамп о въезде в Эстонию или в Евросоюз?Сразу не проверила,а теперь имею проблемы.

У вас виза С или ВНЖ ЕС? С ВНЖ штампы не ставят уже давно(во всяком случае эстонцы и финны), в базе видны все пересечения, обычно никаких проблем с этим нет. А с визой , просто невнимательность пограничника и вы тоже не проверили.