Подскажите пожалуйста можно ли в Ереван выезжать по внутреннему Российскому паспорту?

Да можно

Если нужно дальше и есть 2 гражданства, то так

Правила перелета с 2мя гражданствами

При наличии заграна РФ и заграна РМ:

- билет покупаете на любой загран паспорт

- на стойке регистрации показываете паспорт на который куплен билет

- пограничникам РФ показываете паспорт РФ

- пограничникам РМ показываете паспорт РМ

- в стране транзита любой загран паспорт, но въезд и выезд по одному паспорту если билет не единый

Если нет заграна РФ, только загран РМ/белый паспорт РМ и внутренний паспорт РФ, то только через Ереван (с белым и через Баку):

- билет покупаете на загран паспорт РМ/белый паспорт РМ

- на стойке регистрации показываете паспорт РМ/белый паспорт

- пограничникам РФ показываете внутренний паспорт РФ

- далее везде только молдавский загран паспорт/белый паспорт

Обратно так же.