Скажите пожалуйста могу ли я оформить визу в Японию находясь в Таиланде? ВНЖ Таиланда нет, просто туристическая виза.

По правилам консульства РФ не можете, вы должны находиться в РФ на момент подачи. Если вы гражданин РФ и находитесь в Тае как турист, визу в Азии тоже сделать не получится

Про второй паспорт: за вас могут подать документы, да, но вы должны понимать, что в таком случае вы осознанно предоставите в консульство ложные сведения и у такого решения могут быть последствия.