Подскажите пожалуйста если я выезжаю отдохнуть из Израиля например в Россию. То из России например в любую другую страну вылетать по какому паспорту? Даркону или Российскому заграннику? Или с любым? Например мы хотим отдохнуть на Мальдивах, как быть?

Въезд и выезд из РФ гражданам РФ только по российскому паспорту, и Мальдивы насколько мне известно запретили въезд для граждан Израиля.

Границу страны, гражданином которой вы являетесь, вы пересекаете по документам этой страны. Границу Израиля по израильским ( сейчас послабление и можно по заграну страны исхода). Границу РФ по российскому заграну. Границу Зимбабве, если там гражданство , по паспорту Зимбабве. :)