В визе в Японию стоит дата действия до хх.уу.2025, это значит, что я могу вылететь в этот день или надо на день раньше?

Это значит, что вы должны въехать в Японию до этого дня.

Вам правильно написали выше, срок действия визы, указанный в визе это интервал, когда вы должны въехать в Японию. А оставаться вы там можете столько дней на сколько виза выдана.