Подскажите пожалуйста, по прибытию в Португалию я должен отметится в полиции или другом регистрирующем органе?

Либо заехать в отель хотя бы на 1 день, либо в полицию.

Вы приехали по визе Д напрямую в Португалию из НеШенгена? если да ,то декларация по Entrada legal вам не нужна. В остальных случаях: гостиница или отделение полиции для регистрации въезда