Подскажите пожалуйста можно ли по внутреннему паспарту РФ прилететь в Кыргызстан, в Манас а потом пересечь границу Казахстана?

Из третьих стран по земле пересекаете. Для авиа - по загранпаспорту РФ.

Да

Внутри ЕАЭС (России, Казахстан, Кыргызстан...) можно.

Запросто

Можно! Но, будьте готовы, что вам в обменниках Казахстана по внутреннему паспорту откажут поменять деньги. Если вам теньге нужно, покупайте их в КР.