Голову себе всю сломала по бронированию жилья в Токио. В Японии будем 1 раз, маршрут ещё не разрабатывала.

Я тоже считаю, что везде хорошо)) главное, чтобы рядом было метро/станция JR, мы жили в разных частях Токио, и в центре (Акихабара, Минато) и не совсем (Акабане, Шинагава) и везде понравилось)

Вы лучше откройте сайт букинга, поставьте фильтры со своими критериями, сориентируйтесь по ценам на карте и смотрите в выбранной категории отзывы по отелям.

Не стоит ограничивать себя конкретным районом )

Сибуя/сетагая рассмотрите