Имеет ли значение по какому паспорту (Загран или Российский) въезжать в Казахстан ?

Добрый, разницы нету, но если заехал по одному документу то и выехать только по нему же

Если просто въезд-выезд, то значения не имеет.

Но если вы планируете получать ИИН,открывать банковскую карту и т.п., то лучше въезжать по загранпаспорту

Лучше по заграну, т.к. не всегда продают симкарты, меняют деньги по внутренему. Ну и другие банковские услуги.

Для легализации на территории Казахстана лучше по загран, нужна отметка о въезде