Выгодней менять рубли-доллар-йена или рубль-йена в Японии?

в среднем без разницы, если важна разница - считать самому на день покупки

Смотрите по курсу обмена доллара и йены в день покупки (если покупать йены за рубли, то на сайтах банков есть, а в наличии не всегда)