Скажите, пожалуйста, были реальные случаи когда без ВНЖ с NIPS не пустили из Португалии в Испанию или обратно автобусом или самолётом?

Бывали случаи, когда с таким набором не то, что не пустили, а пустили, прогнали по нескольким кругам ада, а потом депортировали.

Без ВНЖ или действующей визы нельзя выезжать в другие страны Шенгена. Бумага с NIPS имеет силу только в Португалии.

Если вам повезет, то никто нигде не проверит ваши документы. Если не повезет, то может дойти до депортации, как уже сказали.