Каждый раз когда прилетаю в Малайзию, прохожу только через автогейт, не прохожу иммиграционку. Это правильно или нужно в иммиграционку идти?

Это нормально. Было б не в порядке, вас бы не пустили

Вы проходите миграционку - только автоматически)

Единственное отличие - нет штампа в паспорте.