Из рф обменять лучше доллары или юани для последующего обмена в йены уже в Японии?

Лучше доллары. Только старого образца постарайтесь не брать.

Всё конечно зависит от курса, но в Ханенде доллар я обменял дороже на целых 3 тысячи рублей при условии что в одинаковом кол-ве покупал и юани и доллары в Москве (по пополам бюджет свой попилил на эти валюты)

можно и евро. что проще купить - то и берите