Будучи гражданкой Болгарии по происхождению , оформляю гражданство своим несовершеннолетним детям, пришел отказ от Министерства Правосудия по чл. 39 ал.1. Может кто-нибудь знает, что это за основание?

Почему Вы решили что отказ?

По всей вероятности при проверке номеров детей написано что дело прекращено, так как они и так считаются гражданами Болгарии.

Наверное они рождены от гражданина Болгарии или оба родителя граждане Болгарии или Вы получили гражданство Болгарии не по происхождению, а устанавливали его, так как рождены от гражданина.

Нужно подавать в Министерство правосудия через общину заявления на установление наличия гражданства Болгарии детей. Примерно через 1-2 месяца получите удостоверение о том, что дети граждане.