Подскажите пожалуйста, как лучше всего выехать из Испании в Россию с просроченной визой (виза в старом паспорте, есть новый пустой вообще без виз), так чтобы потом в России мог получить визу в ЕС?

Вряд ли сможете её получить потом, но может как утерю паспорта оформить? Типо вы потеряли все паспорта и никакого нет

Не важно, как будете выезжать, вас все равно в системе отметят, да и штампы будут. Спокойно выезжайте через Испанию, вам ничего не скажут, просто выпустят. Но в следующий раз при подаче нужно будет объяснить и доказать, почему ваше нарушение было обоснованно. И тогда будет шанс получить визу.