Подскажите, пожалуйста, если Я вылетаю из Испании с пересадкой в Греции, вычтут ли один "въезд" в Грецию или условия и только при въезде в шенген?

Если вы имели ввиду штамп о вылете из Греции: это не проблема, если есть штамп на влет или иные доказательства пребывания в Испании (для след. подачи). Или вы про кратность визы и количество въездов в шенген?:)

Если мы вас правильно поняли, то не вычтут, считаются въезды в зону Шенгена, а не в отдельные страны шенгена