Если забронировала и оплатила отель на Островке только для визы в Японию(потом отменю) это же нигде на границе не всплывет? Подаваться буду в СПб, оплаченная бронь отеля нужна.

Для визы сейчас не нужно бронировать отель. Они вам вернут бумажку с бронью

ничего страшного, многие оплачивают, одни отели потом меняют, так что не переживайте, много кто так делал