Полет из Москвы в Шарм через Каир, билеты выдали только до Каира а багаж оформили до Шарма

Думаю, что это так же как везде: если при долгой пересадке выходите в город, то по возвращению в аэропорт регистрируетесь на стойке регистрации, которая будет указана на табло в обычной (не транзитной) зоне. Там же тоже будет регистрация на рейс из Каира в Шарм. Не все летят транзитом. Некоторые купили билеты именно из Каира. Вот вместе с ними и зарегистрируетесь на свой рейс.

Когда выйдете с самолета, попадете в транзитную зону - там, где люди идут на международную стыковку, на стойке - можно получить билет на рейс до Шарма и зарегистрироваться. На всякий случай скажите - что багаж не забираете и он идет на транзит. Дальше - покупаете визу в окошке банка и можете идти на погранконтроль и в город. Потом, когда надо будет лететь дальше идете уже сразу с билетами во внутренний терминал и на посадку.