Подскажите, пожалуйста, если покупать билет на поезд Клд-Мск на сайте, то ставлю галочку, что нужна транзитная виза, покупаю билет, а потом иду на сайт посольства Литвы и заполняю еще там анкету?

Всё верно. Эту анкету необходимо отправить в посольство ( там есть кнопка ОТПРАВИТЬ). За день до отправления поезда на почту приходит виза. Ее я тоже распечатала в хорошем качестве. На этой визе на литовской границе ставят штампы.

анкету я тоже распечатала, но она не понадобилась.

Хотя есть другой какой-то алгоритм: бланк анкеты носит проводник,ее надо заполнить в поезде, отдать, что потом происходит не знаю.

Кстати на обратную дорогу заново надо отправить анкету на сайте посольства Литвы.

Нет, вам в поезде дадут анкету и вы ее заполните, никуда идти не надо. Только статус УПД проверьте перед отъездом обязательно, должно быть одобрено.

Сегодня проехала, анкеты в обе стороны заполняла в поезде без проблем, никуда ходить не нужно, либо заполняется на сайте, распечатываете и в поезде передаёте проводнику, проводник вам визу литовскую