Хочу перелететь в шэньчжэнь из мск, там сесть на автобус и уехать сразу в Гонконг. Через некоторое время обратно таким же маршрутом.

Если вы хотите использовать 144 hour visa free transit, надо сразу купить билет на поезд или паром в Гонконг, который подтвердит ваш транзит. Обратно можно только на пароме через Shekou. Только там выдают такой транзит. Либо получить 5 дневную визу на других пунктах. Но она платная и ее получение занимает больше времени.

Изучите тему парома. В таком случае вы не проходите вообще границу в Китае, сразу попадаете в ГК и всё :) и на пароме прокатитесь, на автобусе поездка довольно скучная. Единственный минус, это ждать пока загрузят ваш багаж на паром.