Подскажите, пожалуйста, если въезжал в Казахстан по заграну, то и выезжать надо по нему или не имеет значения?

По идее, нужно выезжать по загранпаспорту, потому что у вас уже стоит там штамп о пересечении границы. В следующий раз могут возникнуть вопросы у пограничников, где штамп о выезде из страны.

выехать можно и по другому документу,только идентификация личности будет дольше проходить.

У вас просрочен паспорт?