Перелет Москва-Сингапур-Манила без задержек в Сингапуре. Обратно также Манила -Сингапур (2-3 дня)-Москва Такой формат прокатит для транзитной визы обратно? Не будет вопрос что в течение 2-ух недель залет в страну дважды?

Прокатит.

Транзитной визы не существует.

А разве прямые рейсы с МКС уже пустили?

Если в первый залёт ничего не натворите, то и во второй раз проблем быть не должно. Но. Окончательное решение о пропуске через границу принимает офицер паспортного контроля.

Вот только приехали, были по VFTF два раза - три ночи, потом через неделю еще три ночи - все ок.