Подскажите, где лучше всего проходить границу Латвия-РФ, пешком, РФ паспорт-ВНЖ Латвии ?

Большой разницы нет, просто смотрите по маршруту как лучше.

1.Рига Зилупе поезд пешком границы, но после границы ждать автобус из Себежа или такси до Великих Лук, Пустошки.

2.Трансфер Алексей 60- 70 евро отАльфы Рига до жд а/п Пскова.

3.Автобус Самолёт Таллин , 2 часа на скоростном поезде до Нарвы.Переход, маршрутка от Иван города до Питера.

Или просто автобус и проход границы несколько дольше, чем индивидуально.