Собираюсь вылететь в Черногорию на несколько дней и обратно в Грузию,паспорт рф ,нахожусь в Грузии меньше года, будут ли вопросы на паспортном ? впустят ли обратно?

формальных причин отказа для въезда в страну быть не должно, но за действия конкретного пограничника вам здесь заранее никто не ответит)

Если судить только по предоставленной информации, все должно быть хорошо. Меньше года в Грузии значит без нарушений, в Черногорию летать можно. На вероятность отказа в вашей истории ничего не влияет