Подскажите, может быть кто-то сталкивался с подобной ситуацией. Есть ли у эстонских пограничников возможность посмотреть данные фмс об уведомлении (

Есть или нет я не знаю, но точно знаю, что отметку определенную они в базе ставят, и надо полагать, что эта информация уйдет туда, куда надо. Когда я выезжала с ребенком из РФ в европу, я с визой, ребенок со вторым паспортом, и при выезде подала только РФ паспорта, пограничник спросил, как въедет в шенген ребенок, я сказала что по другому паспорту, он попросил другой паспорт и спросил, подавали ли уведомление, потом что то напечатал в базе и отправил нас восвояси

Разные ведомства, разные базы, разные задачи

можно через Госуслуги уведомить.