Если есть национальная D-visa Португалии в паспорте безвизовой страны, обязательно ли въезжать по ней в выдавшую страну или можно брать авиабилет с пересадкой в другой стране шенгена?

Можно с пересадкой.

Если у вас португальская виза D и решите лететь с пересадкой, то обязательно сохраните посадочные и/или в первый день заселитесь в отель, чтобы вас зарегистрировали в системе AIMA.