Подскажите пожалуйста, где на погран.переходе Нарва-Ивангород находится пункт таможенного оформления для предъявления товаров на вывоз из ЕС и получения печати от таможни? Где находится и какой там режим работы?

На пешеходном ПП навряд ли пропустят груз.

А пешеходы проходят таможенный контроль после паспортного

Сразу за паспортным контролем - столы таможенного досмотра. Там всё делается ( если в пределах ограничений)

На выходе с КПП справа окошко кассы GlobalBlue Tax Refund.

Там можно получить кэшем возврат