Друзья, я не гражданин России, интересует вопрос можно ли с литовской визой попасть через Эстонию или Латвию.

Как бы ограничения по выдаче виз и пересечения границ введены только для граждан РФ и РБ. Поэтому у Вас с этим не должно возникнуть проблем.

При этом, ранее, при оформлении визы был вопрос, через какую границу будете въезжать. И из СПб было логичным въезжать через Эстонию. Как сейчас с этим не в курсе.

Имейте ввиду при проезде через РБ. Сухопутная граница между РФ и РБ только для граждан этих стран. Это значит, что попасть из РФ в РБ вам можно только самолётом. Ну и разберитесь сами по своему гражданству нужна ли будет вам транзитная виза РБ в этом случае.

То что у Вас нет обременения в виде пасп рф радикально меняет дело: ограничения к Вам не применяются и Вы можете заезжать в шенген любым путем. Для эстонии надо выполнять требования по въезду и пребыванию (нал деньги, правильные страховки, план поездки).