Подскажите , пожалуйста, планируем в шарм на чартере, дальше из Каира на регулярке в Стамбул, не будет ли проблем? Из-за прилет чарте - вылет чартер от туда же?

С такими вылетами проблем нет ,регулярной Вы можете вылететь всегда , проблемы могут возникнуть (а могут не возникнуть ,на авось ) если прилететь регуляркой ,а обратно купить билет на чартер

Не будет проблем