Есть ли проблемы при прохождении таможни русскими в Праге или в Карловых Варах?

Если виза есть и багаж нормальный, то проблем не будет

Вы именно про таможню, или про паспортный контроль?

С таможней все просто - если не везёте ничего запрещённого, проблем не будет.

Паспортный контроль будет только при вылете извне Шенгена, и для людей с российскими паспортами это запрещено (если нет ВНЖ/ПМЖ).

Из других шенгенских стран без проблем, паспортного контроля нет, и это легальный маршрут