Если из России в Эстонию везти 50000 евро их можно задекларировать и провезти?

Вроде законно только 10 тыс $ или эквивалент, больше нельзя даже с декларацией.

С декларацией и документом о происхождении денег (наследство, гонорар, зарплата) и чек о покупке евро. В сентябре лично везла деньги

Вам надо разделить на пять частей. Везти компанией или съездить пять раз.

Единократный вывоз - 10 тысяч (в долларах) на человека. В противном случае, конфискация до выяснения, штраф и возврат с издержками через несколько месяцев-полгода.