Мама летит из Москвы в Германию(виза испанская) . Москва - Стамбул-Мадрид-Амстердам-Гамбург. Будет ли также паспортный контроль, несмотря на то, что самолет прилетел из страны Евросоюза ?

Вообще не должно быть контроля. Но бывает иногда выборочная проверка. Но это очень редко

В каком смысле? Ведь самолет прилетает не из страны ЕС (из Турции)...

Контроль будет в Мадриде.

Или вы про дальнейшие перелеты? Там не будет контроля, но возможно выборочно да.