Подскажите пожалуйста, если прилететь в аэропорт Мали и от него до отеля Canareef Resort Maldives это возможно ? Если да, то как лучше сделать? Я планирую забронировать отель через букинг, а не через фирму.

Вас встретят в аэропорту и куда надо посадят)) напишите в отель, какой у них трансфер и сколько стоит. Устраивает -бронируйте

трансфер до отеля организует отель, в вашем случае это перелет доместиком, потом катер, систему не обойдете