Вопрос таков,если вовремя не пройти дактилоскопию в Казахстане для продления прописки какие могут быть последствия?

Ну возможно при продлении прописки запросят дактилоскопию так как на тот момент уже пройдет 90 дней

Что значит вовремя? Есть понятие уклонение от прохождения. Вам назначили время прохождения, а вы не пришли, это уже будет считаться уклонением. Последствия для иностранцев выдворение и штраф 5МРП. Не тените, делайте. Выдворять может и не будут, дадут второй шанс, но административку точно наложат.