Репатриировался в Израиль. Правильно ли я понимаю что ТМ не является поводом фиксирования второго гражданства в МВД РФ?

Вы должны зафиксировать второе гражданство, при пересечении границы РФ.

Каким документом будете подтверждать - совершенно не важно.

Пока в РФ не въезжаете можно не передавать данные о втором гражданстве.

Гражданин РФ должен сообщить о втором гражданстве, а не о каком-то конкретном документе.