Будем в Самарканде 3 дня, я так понимаю основное можно за один день обойти. Чем остальные два дня заняться?

Это если "галопом", то можно и за 1 день.

Оптимально как раз 3 дня.

По утрам, пока нет групповых туристов посетить в 1-й день Регистан, во 2-й день - Шах-Зинда, в 3-й день - Биби-Ханум.

Можно спокойно прогуляться и посмотреть.

Вечером посмотреть: цветовое шоу Регистан + музыкальный фонтан и этно парк "Вечный город"

Мы были 4 дня и мы спокойно обошли все достопримечательности. Посетите мавзолей пророка Даниила , обсерваторию Улугбека. И отдельно сиабский базар , не спеша . Все это находится не далеко друг от друга .