Длительная пересадка была в Дубае, выйдя в город, поставили штамп в загран, когда вернулся почему-то направили в smart gates и никаких штампов не поставили.

Нет, не будет! Вы уже в базе есть. Автоматически теперь можно проходить через смарт гейт

Зачем вам этот штамп ? Уже давно пора отказаться от них, что и происходит