Дано: уехали с Кипра, ВНЖ закончились в прошлом январе, но в Хелленике на счету до сих пор заморожены деньги Immigration Guarantee.

Скорее всего никак.

У жены на работе есть кейс - девушка с мужем уже год как уехали из Кипра в Германию и все так и не могут получит эти деньги обратно.

Проще списать в статью "невосполнимые убытки" (бухгалтеры поправят) и забить :)

От 3х месяцев до года возврат гарантий, можете пробовать онлайн, майл на сайте миграции

действительно, это именно так и работает: в банк нужно принести письмо из миграции о том, что вы более не претендуете на долгосрочное проживание на кипре (для которого и была создана эта гарантия).

можно ли онлайн это все сделать, не знаю.

много встречала информации, что эта гарантия длится 10 лет и потом, если ее не отменили "вручную", то отменяется автоматически.