Подскажите пожалуйста, могу ли я подать заявку на поступление в австрийский университет до того, как получу диплом бакалавра, имея на руках только транскрипт оценок?

Не можете. Но чтобы успеть сделать внж, можете подать заявку на бакалавриат, получить приглашение, с этим приглашением податься и получить одобрение ВНЖ, и сделать визу D. А как будет диплом - подать заявку на магистратуру. И к приезду получить приглашение и получить карту внж уже зарегистрировавшись по "правильному" приглашению.

Конечно, можете. Берете транскрипт и подаетесь в магу без каких-либо проблем. Диплом просят прислать до 30 сентября . Во всяком случае так в венском уни.