Навитайм показывает, что на маршруте токио-хиросима мне нужно заплатить только 6500 за нозоми до Хиросимы, разве такое может быть?

В настройках галка стоит Использовать Пасс, и это стоимость повышения класса (доплата) к нему.

Нет, там внизу будет полная стоимость. В приложении иногда странно указаны цены, но в сумме обычно правильная