Подскажите, пожалуйста, сейчас визу в Японию обязательно делать через консульство? или можно податься на одноразовую электронно?

Только и только через посольство или консульство

Но можно и дистанционно, но загран все равно окажется в посольстве. В Корее как-то и электронно делают резидентам))

(ну, как минимум в РФ)