Имеет значение какой билет- единый маква- баку-(ереван, стамбул) или купленные отдельно тоже пойдут? Москва - баку и отдельно баку- милан. Так значительно дешевое выходит. Какие минусы?

Купленные отдельно подойдут, главное полный маршрут в Шенген и из него

Минус только в том, что по задержке первого сегмента вы полностью ответственны, если не успеете на второй. При едином билете - это головная боль ак