Может кто-то объяснит по сроку пребывания в Черногории. По закону могу находиться 90 дней из 180. Была с 16. 06 по 30. 07. Второй раз въехала 06. 09.

Если вы про правила шенгена, то там нет никаких первых и вторых 180 дней.

В любую дату- из 180 последних прошедших дней нельзя быть более 90.

Это если в визе стоит именно цифра 90.

Но в целом ваш вопрос не понятен.

В визе могут быть разные числа- и 30, и 45, и 90