Подскажите, если в Японии в семье из 4х человек у трех будет телефон с заряженной suica, то для младшего без телефона придется взять бумажную карту?

Да, только она пластиковая

Пластиковую. Если не планируете оставлять его в гостинице, то да. IC карты снимают оплату при выходе через гейт, вычисляя стоимость.

Можно поставить вторую карту, к примеру Suica и Passmo (ну будет ли это удобно?)