А подскажите пожалуйста, летим Москва-шанхай(пересадка)- шенчьжень, дальше Макао на пароме. В данном случае Шанхай считается транзитной страной? В понимании Китая..

Вообще, с учётом того, что самолётом ваш конечный пункт - это Шеньчжэнь, а это тоже Китай, то это не транзит

Шанхай в понимании Китая не считается третьей страной, он считается Китаем. Третья страна - это Макао и Гонконг.