Я правильно понимаю, что для транзита через Литву для Граждан Беларуси и номеров Республики Беларусь только собственник автомобиля должен быть? Для граждан России по УТД можно по доверенности?

Вот насчет граждан рф по доверенности точно не уверен - врать не хочу.

А для граждан рб и рб номеров - 100% только собственник

собственник должен обязательно ехать в автомобиле, так же транзитом

Да, для транзита по утд тоже нужен собственник. Увы